Arquà Polesine è un centro di origine romana ricco di storia. Una curva, "arcuata", dà il nome ad Arquà. Anticamente, infatti, Arquà era costruita sulla curva di una strada romana che attraversava il Polesine e che corrispondeva all'argine della Pestrina, un antico ramo del Po. In queste zone le strade venivano nella maggior parte dei casi costruite sugli argini per ragioni di sicurezza rispetto alle campagne spesso allagate. La località compare una prima volta in documenti relativi alla donazione di questo ed altri territori alla Chiesa di Adria, da parte del feudatario Marchese Almerico in data 938. Già allora il centro era importante per la sua posizione di controllo sulla Pestrina.
Nel 1146 Guglielmo III dei Marchesella, signore di Ferrara, vi fece costruire un castello per difendersi dagli Estensi, che già avevano mire sul Ferrarse e sul Polesine. Arquà passò poi sotto il dominio degli Estensi che si contesero con i Veneziani per diversi secoli il controllo di questo importante centro militare situato in una posizione di transito tra Ferrara e Venezia.
Nel 1482 i veneziani acquisirono definitivamente il castello ed il territorio di Arquà. Il periodo di dominazione veneziana fu pacifico e lavori di bonifica resero il territorio più fertile ed agevole. Il castello venne comperato dalla nobile famiglia veneta Diedo che lo restaurò ed abbellì con affreschi. Caduta Venezia nel 1797 in seguito all'invasione napoleonica, Arquà venne spogliata dei beni dei conventi e delle congregazioni religiose. Anche l'ospedale annesso all'Oratorio di Sant'Antonio, che ospitava pellegrini, poveri e malati, passò nelle mani dei francesi. Nel 1801 il territorio fu per lungo tempo allagato a seguito delle rotte dell'Adige e del Po.

Anche il dominio austriaco, iniziato dal 1815, fu duro per gli arquatesi: per cinquant'anni il Governo soffocò ogni aspirazione di libertà. Gli anni 1815, 1816 e 1817 furono tremendi anche per i disastri naturali: carestia, freddo e siccità resero ancor più misere le condizioni della popolazione. Un'altra alluvione colpì il paese nel 1823. Con il passaggio al governo italiano nel 1866 Arquà divenne Comune e i registri, prima parrocchiali, passarono al Municipio. La rinascita del paese, all'insegna della nuova indipendenza, risultò lunga e difficile: calamità naturali, analfabetismo, latifondo, uniti ai lunghi anni delle guerre mondiali costrinsero la popolazione ad un livello di vita penoso. Soltanto con la pace che seguì l'ultimo conflitto, il paese comincio, a poco a poco, a crescere.